Nicolae Popa a fost condamnat in lipsa, in anul 2000, la 15 ani de inchisoare, pentru frauda, iar in anul 2006, alaturi de Ioana Maria Vlas, in legatura cu prabusirea Fondului National de Investitii, in urma careia mai mult de 100.000 de romani si-au pierdut banii investiti, iar statul roman, care garantase, a fost obligat sa plateasca circa o suta de milioane de euro compensatii. Popa a fost adus in tara, din Jakarta, in anul 2011.