Cauza endometriozei ramane necunoscuta. O posibila teorie sustine faptul ca, la menstruatie, fragmente de endometru sunt impinse retrograd din cavitatea uterina la nivelul trompelor si de acolo, se pot implanta, secundar, la nivelul pelvisului (abdomenul inferior).
Una din credintele populare spun ca tocmai de aceea nu este recomandata folosirea tampoanelor intravaginale la menstruatie, care nu ar permite evacuarea spontana a tesutului endometrial, ori praticarea sportului intens, cu retroversiunea abdomenulului (pozitia lumanarii si alte exercitii similare, antigravitationale) sau practicarea actului sexual la ciclu, in special in pozitia verticala. Sunt insa doar teorii, care nu au fost fundamentate stiintific, intrucat endometrioza apare si la fetele tinere, fara viata sexuala sau la femei care nu au practicat neaparat sportul sau au facut aceste exercitii.
Conform altor teorii, exista o predispozitie ereditara si genetica de aparitie a endometriozei ori ca urmare a unor mecanisme pe fondul unui sistem imunitar deficitar. Din pacate, pentru ca nu se cunosc cauzele exacte, nu se cunosc nici metode de profilaxie a bolii. Problemele sunt generate de faptul ca in timpul menstruatiei, tesutul ectopic sangereaza, la fel precum endometrul din interiorul uterului. Sangele este un factor extrem de iritant, astfel ca se produc inflamatii ale tesuturilor invecinate tesutului endometric ectopic, ducand la formarea chisturilor si tesutului cicatricial.