Cauza acestei afectiuni poate fi, in multe dintre cazuri, obstructia lumenului, acavitatii organului, fie datorita unei proliferari limfatice stimulate bacterian sau a unui mic corp strain (sambure, samanta).

Aceasta obstruare a lumenului provoaca o crestere a presiunii intraluminale (in interiorul organului), o tulburare a circulatiei sangelui in peretii organului si inflamatia acestuia ce poate evolua fara tratament pana la gangrena si perforatie (ruptura). 
Poate fi luata in discutie si o predispozitie genetica pentru obstructia lumenului apendicular cauzatoare de apendicita, plecand de la observatia ca sunt familii cu mai multi subiecti apendicectomizati (operati de apendicita) decat altele.